《境界线上的地平线Ⅱ》剧情紧接第一季动画剧情展开，讲述的是航空都市舰武藏在救出赫莱森·阿利亚达斯特之后，离开三河启航前往英国，希望能获得英国的支援。 但由于无敌舰队海战历史再现开战在即，三征西班牙害怕英国与武藏联手，决定先声夺人攻击武藏。 面对三征西班牙精锐攻击，武藏与之相对后顺利逃脱，但在英国边境却遭受英国“女王的盾符”成员攻击，不得已只好暂时与赫莱森等人搭乘的运输舰切割。运输舰总算是平安登陆在第四阶层的海岸，英国却不准武藏舰登陆。 武藏与英国经过谈判，决定举办联合校庆，但后续发展依旧困难重重。 而此时，点藏·库罗斯优奈特在海岸边遇到一个浑身伤痕的神秘人，解开了英国方面一段不为人知的隐情。 故事由此展开。