刚搬家到红色房馆村的主人公玛丽，在森林里发现了7年盛开一次的不可思议的花“魔女之花”。那种花居然是过去魔女的国度被盗走的禁断的“魔女之花”。得到了只能使用一晚的不可思议力量的玛丽，被耸立在云海之上的魔法世界最高学府“安铎大学”录取了。玛丽到达后，说出的仅仅一个谎言，引起了不久后发生的波及到自己最重要的人的大事件。
追求魔女之花的校长、进行着奇妙实验的D博士、与谜团众多的红发魔女、少年彼得的相遇。然后……
玛丽为了逃出魔女之国而得到了“咒语的神髓”，打算终结一切的魔法。但是就在那时，玛丽很快就要失去全部的力量了。即将被解开的“魔女之花”的真相。留下来给玛丽的只有一把扫帚和小小的约定。在魔法横溢的世界中，玛丽只是一个无力的人类，孕育在黑暗之中的希望到底是什么。
玛丽相遇了——震惊和欢喜、过去和命运，然后她用自己小小的勇气，震撼了每一代人的心灵。